元初，“江南釋教總統”，楊璉真伽原奉蒙藏密宗（喇嘛教），對佛教禪宗不予過問。 至元二十七年（1290年），淨慈寺火焚後，都由各代住持募化重建。 經古田德垕、愚及至慧、方山文寶等禪師悉心籌劃，先後修建了蒙堂、兩庫司、觀音殿、大殿、羅漢殿、法堂、最後重建山門，才恢復了舊觀。 對於異族統治，淨慈寺一批名僧，大多采取消極抵制。 元初，晦機元熙，爲淨慈寺書記，其兄唐元齡原系南宋臨江通判，隨文天祥起兵抗元而戰死。
爲此，明太祖封其爲僧錄司左善世師，奉旨清理全國寺僧，徵集高僧住金陵善世院。 洪武二十五年（1392年）十二月寺毀，由祖芳道聯募化重建，使殿宇堂室金碧交輝，深受讚賞。 圓照宗本原在蘇州住持瑞光寺，經杭州二任郡守陳襄、蘇軾相邀，最後經上疏奏準纔來杭住持壽寧院。 蘇軾治杭時，對佛門好友至爲關切，曾抱病探訪圓照宗本，並和大通善本長老，楚明寶印（後爲該寺十三代住持）、法湧（延壽弟子）、臻謙（即梵臻法師）等“參請最契”，還常在一起商談竣湖救荒善策。
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宋理宗十分讚賞，賜以金帛，並封號爲“佛鑑大師”。 翌年（1250年），宋理宗命淨慈寺建千佛閣，並親書“華嚴法界正遍知閣”八字。 當時寺內廡壁由名師鐘鼎、丁清溪繪有五十三參像，規模與靈隱寺相仿，“北有靈隱，南有淨慈”由此而出。
- 當時，楊鏈真伽曾邀晦機元熙同去阿育王寺取捨利，他就託辭探母避往江西。
- 南宋嘉定年間，曹洞宗第十三代祖如淨曾兩度來杭住淨慈寺。
- 北宋統一中國後，宋太宗於太平興國二年（977年）賜慧日永明院爲“壽寧禪院”，並重加修葺。
- “文化大革命”期間，寺宇一度被佔用，有的損毀。
- 北宋時，淨慈寺名僧接踵，大德輩出，有的成爲佛教禪宗一代宗師。
在雷峯塔下有塔院小昭慶寺，塔西有惠昭寺，峯北有瑞相院（即寶相寺），寺西有善慶寺（即興教寺），並有彌陀寺、顯應寺、天王寺、安吳寺、法性寺、廣教寺、空律寺等環列。 晨鐘暮鼓，梵唄相聞；故時人稱南屏山爲“佛國山”。 慈慧寺2025 南屏山鍾靈毓秀，淨慈寺香菸氤氳，爲歷代文人嚮往之處。 不少士大夫爲避世出塵，常來該寺談禪吟詠，成爲古代杭城文風。
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永樂年間，淨慈寺曾有一件歷史疑案，始終沒有定論。 明惠帝朱允炆因年號“建文”，故也稱“建文帝”，當燕王朱棣率靖難軍進軍金陵時，建文帝就不知下落，或說已死，或說出逃。 至永樂四年（1406年），朝廷聞知淨慈寺有僧在篡修文典，即徵其爲“釋教總裁”，遷住五臺，而此僧卻悄然隱遁不知去向，後人傳說此僧即隱匿於淨慈寺的建文帝，並有其畫像爲證。 此說雖不足信，但杭州名僧溥洽（時已徵召爲右僧錄司）卻因此涉嫌助建文帝國出逃，先後繫獄十五年。 道容在淨慈寺先塑十六應真像，再塑五百羅漢，據說塑像都出一僧之手，而儀貌各異，神氣如生，像塑成而僧化去；所建田字殿，將五百羅漢分四層背座，尊尊異形，位置曲折，屈指多迷，爲一大奇觀。 道容建田字殿爲江南佛寺之首創，田字形平面既能供奉衆羅漢像，且都面向信衆，採光較好，便於參拜禮佛，這是佛教中的特殊建築。
- 即淨慈寺正殿，高十三丈，中供奉大如來像三尊，該殿也於後周顯德元年首建。
- ” 文穆王知道王鎮將擅用庫銀並無私用一文。
- 淳祐九年（1249年），名僧無準師範住持淨慈寺時，宋理宗曾於修政殿召對。
- 當時人稱“淨慈三峯”的高峯原妙、中峯明本、孤峯明德都是名聞南宋京師的高僧，都先後離開淨慈寺，對朝廷遠而避之，千巖元長等都追隨高峯、中峯轉入浙西山區修持弘法，孤峯則離杭遊歷名山，不再返回。
- 舊名神運井，據《淨慈寺志》，周顯德初，香積廚內建有神運井，泉極甘冽，廣縱約二丈餘，內外引汲不竭。
- 建國以後，淨慈寺於1950年開始多次進行修繕；1955年曾全面整修，前、中、後三大殿煥然一新，並在殿西建濟祖殿，在山門前建“南屏晚鐘”碑亭。
- 住持得人，是不特有功山門，實有功《宗鏡錄》者”。
該塔被毀前原爲重檐飛棟，窗戶洞達。 由此，“南屏晚鐘”，“雷峯夕照”，成爲淨慈寺兩大勝景，又爲名剎增輝。 “南山淨慈，北山靈隱”，爲東南兩大名剎，古人稱：“兩峯勝概山僧得，好爲南屏一寫圖”。 由於四代錢王代代崇佛，故淨慈寺前後左右佛剎林立，成爲杭城最大的寺院羣。
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萬曆四十七年（1619年），住持翠峯在疏浚萬工池時於池底發現有“井”字形巨木，形如門坊，中懸鐵牌，刻有“吳越王妃孫氏所建之塔”。 既然雷峯塔由吳越王妃黃氏所建，鐵牌所指當另有他塔。 南宋祝穆《方輿勝覽》載，宋時畫家繪西湖湖山四時景色，最奇者有十，（即後人稱“西湖十景”），其中即有“南屏晚鐘”。 寺內有古鐘初動，山谷皆應，因山高穴多，湖面空曠，故其聲遠揚，響入雲霄。
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當時淨慈寺住持瞭然道富頭頂“敕建淨慈禪寺”匾額，泣跪於轅門，幾經哀求才倖免燒燬，而昭慶等寺已成灰燼。 慈慧寺2025 如此戎馬紛紜，徵鼓喧雜幾十年，才得平息，而南屏喬松修竹全被砍伐，寺宇破敗不堪。 在修典中，希古師頤也曾居第一座，至永樂十六年（1418年）住持淨慈寺；他開堂闡法時，佛徒甚多，時稱“靈山再會”，很得人心。 於“無遮大會”第二年（1372年），明太祖又於金陵蔣山寺舉行“廣薦法會”，命各地舉薦高僧集會點校藏經，淨慈寺由清遠懷渭、逆川智順兩代住持參加，逆川還升座說法，明太祖親臨加以慰問。 在此同時，明太祖曾下旨召中天竺名僧季潭宗泐赴京封爲左善世師，但宗泐對明王朝限佛等措施頗具戒心，於是急流勇退，辭官返杭住持淨慈寺，由此開罪朝廷。
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當時人稱“淨慈三峯”的高峯原妙、中峯明本、孤峯明德都是名聞南宋京師的高僧，都先後離開淨慈寺，對朝廷遠而避之，千巖元長等都追隨高峯、中峯轉入浙西山區修持弘法，孤峯則離杭遊歷名山，不再返回。 爲顯示朝廷崇佛，一批大臣仿效前朝遺風都紛紛與佛門結方外交，並採取護教措施。 慈慧寺2025 如浙江行省的達識貼木爾丞相和康裏公丞相都與淨慈寺的平山處林、愚庵智及、清遠懷渭等禪師常有來往，互通信函。 愚庵智及就由達識貼木爾推舉爲淨慈寺住持；平山處林於元后期至元五年（1339年）由樞密使高納麟推薦並由元惠宗下詔命其住持淨慈寺。
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節度使曹勳爲此撰記稱該寺重建後，“金碧輝煌，華梵絢麗，行都道場之盛，特冠諸山”。 紹興九年（1139年），宋高宗大赦天下，爲表示奉祀宋徽宗，特將淨慈禪寺改名爲“報恩光孝禪寺”，並將惠照寺併入。 紹興十九年（1149年）十月，又改稱爲“淨慈報恩光孝禪寺”（簡稱淨慈寺），詔命道容住持該寺，並賜予經藏。 繼道容住持淨慈寺的肯堂彥充曾師事廬山東林寺僧顏，學淨土法門。 杭州名僧癡絕道衝、無準師範等均師從肯堂學法，得以傳承。 北宋熙寧年間（1068－1077年），圓照宗本住持該寺，時屬歲旱，湖水盡涸，寺西有甘泉，據傳泉內有“金色鯉魚遊焉”，於是鑿泉爲井，寺衆千餘，飲之不竭，故名“圓照井“。
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同時壽寧禪院經多次營建修繕，規模不斷擴大，還在寺前經募化集萬人開鑿水池，名“萬工池”，以備汲水滅火之用。 明時因盛行淨土，提倡行善放生，該池改爲“放生池”當時的壽寧院號稱“南山之冠”。 淨慈寺，屢毀屢建，寺宇、山門、鐘樓、後殿、運木古井和濟公殿，都是二十世紀八十年代重建的，大雄寶殿單層重檐，黃色琉璃瓦脊，更顯莊嚴宏傳。
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宋徽宗趙佶即位之初，也曾籠絡各地高僧，曾詔告天下，凡“爲衆師法”的有名德僧可奏請賜諡師號和封贈。 但至北宋末年，道士林靈素以方術得宋徽宗寵信，奉行排佛崇道，壽寧禪院爲宋徽宗佔爲香火院。 北宋末，方臘起義中燒廟，湖寺盡毀，唯壽寧院獨存。 慈山寺乃秉承釋迦牟尼佛的教化而興辦的一所漢傳佛教寺院。 慈慧寺 我們相信眾生皆有佛性，能通過聞思修，培養正知正見，斷除煩惱，成就福慧，從而得到真正的安樂。 慈山寺由李嘉誠先生發心興建，護持正法，利益大眾。
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如淨圓寂後歸葬南屏，至今淨慈寺仍保留有如淨墓塔，被日僧奉爲祖塔。 淨慈寺，周顯德元年錢王俶建，號慧日永明院，迎衢州道潛禪師居之。 慈慧寺2025 潛嘗欲向王求金鑄十八阿羅漢，未白也。
這次重建後的淨慈寺，“寺故宏大，顯於湖山”，可謂壯觀之極。 爲此，妙崧於嘉定十四年（1221年）奉召入內廷說法，宋寧宗賜予紫衣並封號“佛行禪師”，下旨爲妙崧建“泰寧莊”。 淳熙十四年（1187年），朝廷起用退谷義雲禪師，命其在淨慈寺說法並主持寺務，杭城士民都很崇敬，愛國詩人陸游贊他爲“才能絕人”。
明英宗天順二年（1458年）由寺僧道濟重建。 萬曆四十二年（1614年）又由清傑修浚。 萬曆二十年（1592年），司禮監孫隆在淨慈寺“鑄鐵鼎，葺鐘樓，構井亭，架棹楔（棹楔即牌坊之類），將原有寺旁石坊遷建於萬工池左右，左題“湖南佛國”，右題“震旦靈山”。 萬曆二十三年（1595年）由寺僧修建下廡。
但二十年後（約於元至元年間）他再度到淨慈寺時，但見“人員叢雜”、“寮舍圍爐”、“撫琴奕棋”，卻很少有寺僧研習功課。 此外，明洪武十一年（1378年）住持夷簡以舊鐘過小，乃募化聚銅二萬斤，鑄巨鍾懸鐘樓，樓高十餘丈。 明天順四年（1460年）明英宗賜帑建禪堂，以接待雲水僧人。 弘治十三年（1500年）春，明孝宗以屢見災害，特撥發內帑散發全國各名山，淨慈寺得黃金二百兩，由住持文懷修葺天王殿、羅漢殿等。
這口銅鐘懸掛在淨慈寺重建的二層三檐的鐘樓內，高3． 造型古樸，外面鑄有《大乘妙法蓮華經》，6.8萬餘字，鑄造精緻，每敲一下，餘音達2分鐘之久，餘音嫋嫋，十分渾重動聽。 明清時，杭州曾以淨慈寺爲主，形成南山香火。 每年正月六日爲“定光（即燃燈佛）誕辰”，杭城男女傾城出遊，成爲舊時風俗，俗稱“賽爆竹”，遊人取道淨慈寺至法相寺進香，“沿途張筵，笙歌雜奏”，多以爆竹相互鬥放。 每遇除夕，則官府設筵寺中燃放焰火，全城男女來觀者摩肩接踵，不下數萬人，昭慶、靈隱、三竺都如此，而淨慈寺尤甚。 常有無賴子在人叢中放肆喧擾，甚至擠死香客，禍及寺僧。
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自言：“吾爲活數萬生命而死，死又何憾！ ” 文穆王知道王鎮將擅用庫銀並無私用一文。 並聽其投明州四明山（今浙江鄞縣境內)龍冊寺翠巖令參禪師剃度爲僧，法名延壽，字智覺。由此而成就了後來在中國佛教史上名揚四方的高僧－延壽大師。是歲大師年方三十，時維西元933年。
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若省城官員來寺則需索酒食，寺中主持要撞鐘率衆迎來送往，俯伏道旁，稍有疏忽，常受凌辱，寺僧無法安於禪法。 後人稱之爲“末法陵遲，教微僧弱”。 意爲此時佛法已經衰頹，佛教已陷入微弱的境地。 佛教自達摩西來，闡揚宗旨，濟拔羣迷，利益衆生，福田慧果，曹溪以下，代不乏人，朕留心內典，深明此事。 歷古來名僧言句，宋初永明延壽智覺禪師實爲出類拔萃，其所著惟《心訣》、《心賦》、《宗鏡錄》、《萬善同歸集》等書，實皆宗教合一之論，與後學參證禪徒大有裨益。 朕親加選錄，刊刻頒示天下叢林，禪師可謂曹溪以後善知識中傑出之人，着加封妙圓正修智覺禪師。
其他如悅堂、會堂、孤峯等名僧也都受過朝廷封賞，分別封號爲慧通、普濟、圓明定慧。 而石屋清珙以“清苦自守”聞名，斷絕外緣，但元至正年間，朝廷也“降香幣以旌”，皇后親賜金衲衣。 其實，朝廷封賞所費財力甚微，對佛門弟子卻起到了一定安撫作用。
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宋建隆初，永明延壽著《宗鏡錄》百卷，集賢首、慈恩、天台三宗之旨，融貫禪宗心法。 惠洪《宗鏡堂紀略》稱：“此書初出，其傳甚遠，異國羣長讀之皆望風稱弟子，學者航海而至，受法而去者不可勝數”。 慈慧寺2025 慈慧寺 爲紀念著《宗鏡錄》，該寺專設宗鏡堂，現於寺之東側專設永明塔院。