1996年，臺南校區在臺南縣麻豆鎮（今臺南市麻豆區）成立，1997年正式開校。 臺南校區的教學大樓、運動場、學生宿舍、臺灣文學資料館和實習旅館等設施，自1995年起相繼完成。 應用日語學系 通識教育大樓和室內體育館分別於2004年及2005年完工，後者備有籃球場、游泳池、網球場和排球場等康樂及體育設施，以改善校區的學習環境及活動空間。 對於少子化，前校長吳銘達曾在2014年表示將進行北移計畫，但因臺南市賴清德市長強力慰留與多元教育在地服務紮根之教育理念，未來臺南校區將轉型為創新研究發展技能與學術中心。
設有工業管理學系、資訊管理學系、企業管理學系、國際貿易學系、會計學系、財務金融學系、財政稅務管理學系、觀光事業學系。 應用日語學系 麻豆校區：整合休閒遊憩事業學系、餐旅管理學系、航空服務管理學系、自然資源應用學系等四系成立「休閒事業學院」。 明道大學應用日語學系創系於2001年，在歷屆主任葉淑華主任、魏世萍主任、黃頌顯主任、王綉線主任的精心擘畫及全體師生同心協力之下，本系已擠進與全國有名私立大學並列排名。 師資陣容更是堅強，專任教師都具有博士學位，助理教授以上。 此外，聘請媲美全國名校重量級的教授，師資跨足中、日、韓三國。
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2016年：臺南校區停招運動健康與休閒學系、旅遊文化與健康產業學士學位學程、觀光暨服務產業學士學位學程。 該校校史悠久，可追溯至1872年3月9日加拿大基督教長老教會宣教師馬偕登陸淡水，選定現址（今真理大學淡水校區）興建校舍以作傳教、教育及醫療之用。 1882年校舍建成後，他為感謝其家鄉安大略省牛津郡（Oxford 應用日語學系2025 County）居民的捐助，遂將之命名為Oxford College，中文譯為理學堂大書院（亦稱牛津學堂）。
- 2011年1月由西班牙網路計量研究中心網路實驗室發表之世界大學網路排名 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館），12,000多所研究與學術單位中，真理大學排名世界第1073名。
- 祕書或業務人員、通過國家特考擔任導遊、領隊、新聞局或外交部人員、大學或研究機關助理、講師、補教界或社區(鄉、鎮)大學之日語教學人才。
- 本系通過高等教育評鑑中心（HEEACT）第二週期系所評鑑認證，代表學系對教學品質、師資結構與教研環境之重視獲得認可。
- 2016年5月28日，真理大學在該建築內成立馬偕紀念館，參觀人潮絡繹不絕、風光一時，但2020年後校方因故決定關閉紀念館，並不對外開放民眾參觀。
- 麻豆校區：航空服務管理學系改名航空運輸管理學系、資訊商務學系改名為資訊應用學系。
- 馬偕故居在二次世界大戰時，教會曾設安樂家，以收留失依婦女，爾後成為淡江中學男生宿舍。
藉由實用的課程設計，著重聽、說、讀、寫、譯核心能力的培養，並加強文化、歷史、商用、觀光旅遊、動漫畫、教學等多元專業知識與技能，提供有系統的專業訓練，及國際觀、證照、升學、就業等相關能力的提升。 2018年：臺北校區航空服務管理學系改名航空事業學系，並自觀光與休閒運動學院改隸資訊與商業智慧學院。 2015年：臺北校區統計與精算學系、應用數學學系合併為財務與精算學系，並分設財務資訊組、精算與保險經營組。 增設航空旅運管理進修學士學位學程、休閒產業暨海洋觀光進修學士學位學程。 2009年：麻豆校區「知識經濟學院」與淡水校區管理學院進行整併，仍稱管理學院。
應用日語學系: 活動花絮
設有人文、數理資訊、財經、管理、觀光休閒與運動等五個學院，內含財經、數理科學、法律、管理科學及人文科學等七個研究所暨宗教學系碩士班、二十八個學系。 其兩校區大學圖書館藏書量約為42.4萬冊，是156所大學中前三十名。 2017年7月下旬傳出與馬偕醫學院、馬偕護專整併消息，2020年前併校並更名為馬偕大學，此消息已經馬偕醫學院校方證實為誤傳。
2012年：臺北校區觀光休閒事業學院與臺南校區運動知識學院整併為觀光休閒與運動學院。 臺南校區應用英語學系、日本語文學系整併為應用外語學系（分設應用英語組、日本語文組）。 停招資訊應用學系、水域運動休閒學系、生態觀光經營學系。
應用日語學系: 應用日語學系
銘傳大學應用日語學系為國內第一個應用日語學系，以培養具備實務能力、誠實品德、團隊精神、國際視野、能應用日語之人才為宗旨。 條列特色如下：1.培育日語商務以及教育人才為重點目標。 3.教學專業化與科技化，留學交流機會多具國際化。 4.極佳的日本文化情境與數位化的教育設備。 5.與日本大學間互動來往頻繁，在學期間可赴日留學、研修、實習，名額逐年增加。
應用日語學系: 相關連結
真理大學應用日語學系課程設計注重學生日語基礎學習之聽、說、讀、寫能力。 培養學生具有健全人格，在踏出校門後，能以開放的態度關愛社會，服務世人，以國際視野促進國際文化交流為己任。 英文校名為Aletheia University。 整合觀光事業學系、工業管理學系、企業管理學系、資訊管理學系、運動管理學系、管理科學研究所成立「管理學院」。 整合財政稅務管理學系、經濟學系、財經法律學系成立「財經學院」；整合數理統計與精算學系、數學系、資訊科學系「數理資訊學院」；整合宗教學系應用外語系、應用日語學系、外國語文學系、臺灣文學系成立「人文學院」。 1965年在原址設立淡水工商管理專科學校，1994年改制為淡水工商管理學院，1999年奉教育部覈定正式改制為真理大學。
應用日語學系: 明道大學 應用日語學系
有關馬偕的個人物品是從牛津學堂史蹟館移過來，其他文物則從淡水長老教會及其他教會借來展示。 至於配合教育、醫療、宣教、人權及原住民等主題，則以輸出照片簡介展示。 1872年3月9日：加拿大基督教長老教會傳教士馬偕博士（Rev. George Leslie Mackay）登陸於淡水，以砲臺埔為其宣教根據地。 除一方面展開傳教、醫療、農藝外，又利用其租住的寓所、野外，從事教學工作，歷時八載。 培育專業務實、多元廣博、慎思明辨、果敢有為的下一代公民，係明道大學規劃肇始即揭櫫之創校理念。
應用日語學系: 畢業公演影片
此外亦依據本校之教育理念，培養學生具有健全人格，在踏出校門後，能以開放的態度關愛社會，服務世人，以國際視野促進國際文化交流為己任。 2008年：淡水校區：增設人文與資訊學系。 宗教學系改名宗教文化與組織管理學系、資訊科學系改名資訊工程學系、工業管理學系改名為工業管理與經營資訊學系、運動事業學系改名運動事業經營學系。 應用日語學系2025 2001年：淡水校區整合源管理學院之觀光事業學系、運動管理學系成立「觀光學院」。 淡水校區增設財經研究所碩士班、管理科學研究所碩士在職專班、航空服務管理學系。 2.此外，日語會話課程列為一至四年級之必修課程。
應用日語學系: 教育暨應用語文學院
2010年1月由西班牙網路計量研究中心網路實驗室發表之世界大學網路排名 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館），8,000多所研究與學術單位中，真理大學排名世界第1593名。 2010年7月由西班牙網路計量研究中心網路實驗室發表之世界大學網路排名 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館），12,000多所研究與學術單位中，真理大學排名世界第1691名。 2011年1月由西班牙網路計量研究中心網路實驗室發表之世界大學網路排名 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館），12,000多所研究與學術單位中，真理大學排名世界第1073名。 2012年1月由西班牙網路計量研究中心網路實驗室發表之世界大學網路排名 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館），20,000多所研究與學術單位中，真理大學排名世界第2833名。
應用日語學系: 大學情報
2011年：臺北淡水校區正式定名臺北校區、臺南麻豆校區正式定名臺南校區。 航空服務管理學系改名航空運輸管理學系、運動事業經營學系改名運動健康與休閒學系。 應用日語學系 麻豆校區：航空服務管理學系改名航空運輸管理學系、資訊商務學系改名為資訊應用學系。 科技管理學系與創新管理學系合併為工商管理學系。 臺灣文學系、運動資訊傳播學系北移至淡水校區。 1996年：位於臺南麻豆的第二校區落成，設有資訊管理技術系、應用外語系、休閒遊憩事業技術系等二年制技術系，翌年開始招生。
應用日語學系: 大學問
淡水校區觀光學院、麻豆校區休閒事業學院整併為「觀光休閒事業學院」。 2007年：淡水校區：增設觀光數位知識學系，隸屬觀光學院。 2005年：麻豆校區增設增設管理科學研究所；增設運動資訊傳播學系、運動事業學系、水上運動學系，並整合前項三系成立「運動知識學院」。 應用日語學系2025 應用日語學系 2009年8月由西班牙網路計量研究中心網路實驗室發表之世界大學網路排名 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館），6000多所學術單位中，真理大學排名世界第1635名。