獨派團體的反課綱微調人士薛化元則舉出兩個主要爭議：第一，課綱修改委員的專業能力有問題，對於高中歷史課綱修改，卻沒有歷史系所老師或研究員參加；第二，課綱修改過程中，沒有公開審議的程序，計票方式也有問題。 前課綱委員周婉窕則舉出立法院公報中，95課綱委員的名單，說明在陳水扁政府時代，課綱委員的名單及發言皆對外公開。 此外，現行高中課綱，在馬英九政府執政前，都是交由課綱委員會決定，課綱委員由大學教授與高中教師組成，並經試教，以驗證內容對於教學的影響。 這次課綱微調案的主要法源依據為2010年通過的《高級中學法》第9條：「高級中學教科用書，由中央主管教育行政機關審定，必要時得編定之。」。 因為對於課綱委員的選任，以及課綱修改的具體程序，法律沒有明文規範，只規定由教育主管機關審定、編定，教育部因此認為這屬於行政裁量權範圍，其程序無不合法之處，合憲且合法。 9月11日，反黑箱課綱行動聯盟發出聲明表示，儘管違法微調課綱的教科書已經上路，但10月將是高中第二冊用書的選書時間，針對高中歷史課本第二冊，中國史的內容更是大倒退，將「中國」全數改成「我國」或「中國大陸」，在此聯盟呼籲各校老師，不要選用微調課綱所編定的教科書，拒絕不願面對爭議和民眾質疑、最佳反民主教材的作弊微調課綱。。
對於此次調整以漢人中心史觀為主，林明正認為，臺灣原住民族只是中國56個少數民族之一，是高山族，教科書基本上不可能全面符合各個族羣，他們的觀點無法被全面容納，但可以給他們多一點的母語教育或課程。 對於民進黨認為新課綱刪除白色恐怖是去臺灣化，林明正表示民進黨的作法纔是綠色恐怖，應要大刪特刪一番。 2012年5月，教育部發給審議委員一份民眾建議意見書，其中內容分為三級：必要修正、強烈修正、積極修正，要求歷史教科用書審定委員根據投書修改教科書內容。
國中課程綱要: 十二年國教課程綱要
甘懷真在《歷史研究》中發表〈臺灣與日本的中學歷史教科書之比較〉論文，以日本中學歷史教科書為例，主張成立常態性教科書審議委員會，來審查教科書；開放更大權限給教科書編寫者，同時重視歷史分期。 臺大國發所教授劉靜怡建議應完全取消課綱的設計，開放教科書自由編寫。 臺大歷史系教授陳翠蓮也認為，表面上的「字句修正」固然是一個爭論點，比如外界聚焦於慰安婦是否被迫、日治或日據，但其實是新課綱的論述過程有爭議，集中在戰後臺灣史，強化與中國大陸連結，而弱化國際性。 由臺北市立建國高級中學、新北市立中和高級中學、國立新竹高級中學三所學校之學生自發性組成「星火燎原－北區反課綱高校聯盟」(簡稱「北高盟」)，並於6月2日發出聲明稿及聯署書。 至少已有227所高中職學校學生站出來反臺灣高中歷史課綱微調案。
- 教育部於座談會上也表示本次課綱微調，自102年8月1日啟動至103年1月27日完成審議程序，2月發布，期間歷時半年。
- 2月3日，公民教師行動聯盟發起連署活動《堅持程序正義，反黑箱微調》，認為此次調整不符程序正義，要求教育部公開檢核小組成員名單，及會議記錄，重新討論調整內容，以符合民主程序。
- 回想過往，似乎每逢課綱修訂時，總會有不同立場、不同聲音的表述；然試想，若其中一方一定要壓倒另一方，社會的爭論會有停止的時候嗎？
- 3月28日，中研院研究員張茂桂因為不滿教育部過份幹預課綱修定工作，以及教育部長蔣偉寧對太陽花學運的發言，宣佈辭去十二年國教總綱研修委員。
- 愛國同心會批評舊課綱為「日本雜種課綱」，至教育部前進行抗議活動，聲援吳思華。
- 2013年中，教育部以進行「錯字勘誤、內容補正及符合憲法之檢核」為由，組成檢核小組，進行針對高中國文與社會科課綱的微調，經檢核小組改寫過的課綱，經十二年國教小組表決後通過，教育部於2014年2月10日正式公佈「微調」後的課綱，預定於2015年（民國104年）實施，又稱104課綱。
而紀錄片裡，日本協助處理慰安婦問題，馬英九指出，這是一個國家需有的胸襟與視野，也期待日本當局也能如此。 總統馬英九強調，有了這些歷史事實後，應思考如何讓慰安婦阿嬤走出陰霾，有更自由的未來，應全力幫助阿嬤，讓阿嬤感受到家人與國家支持，甚至傷害她們的日本軍國主義者的國家還有很多人支持她們。 課綱是教育部規定的，課綱裡面的東西，課本一定要寫，但寫法是多元化的，寫好寫壞、寫長寫短，那是課本的事情。
即日起50天內，也會蒐集全臺1200名歷史教師的意見，彙整後做成定案，再轉由大考中心實施。 這4個處理方式包括，遇到非選題時，在微調課綱前後有差異的名詞，都不扣分。 例如「臺灣」或「我國」；「中國」、「大陸」、「中國大陸」；「鄭氏」、「明鄭」；「清代」、「清廷」等；第二是時序差異。 微調課綱將臺灣戰後時期的歷史，由原本的「主題式」改成「時序式」，不影響價值觀的差別，且新舊課綱都有，仍可出題。 例如說明大航海時代，西方列強興起與對殖民地競逐，臺灣地理位置特色，及16世紀中葉後東亞情勢的變化；第三是微調課綱新增而舊課綱沒有，或舊課綱有、但新課綱刪除的內容，就不會出題。
國中課程綱要: 國中、小課程綱要
「核心素養」是指一個人為了適應現在生活及面對未來挑戰，所應具備的知識、能力與態度。 核心素養強調學習不侷限於學科知識及技能，而應關注學習與生活的結合。 核心素養分為三大面向：「自主行動」、「溝通互動」、「社會參與」。
公民教師行動聯盟發言人、大直高中公民與社會教師黃益中表示，他和一些教師認為，是課綱刪除人權事件，造成教科書商刪減了相關內容，將導致課本中對人權及政府職權的討論失去篇幅與重視。 他亦聲稱，教育部認為刪除白色恐怖舉例可以減輕教師負擔，但他不認同，因為新課綱中加重介紹中華文化。 但馬英九政府則認為，103年完成國文與社會領域課程綱要微調，並為因應教科用書編寫及教師教學準備，本次課程綱要微調定於104學年度實施，符合至少實施3年1輪再調整之理念。 國中課程綱要 2013年中，教育部以進行「錯字勘誤、內容補正及符合憲法之檢核」為由，組成檢核小組，進行針對高中國文與社會科課綱的微調，經檢核小組改寫過的課綱，經十二年國教小組表決後通過，教育部於2014年2月10日正式公佈「微調」後的課綱，預定於2015年（民國104年）實施，又稱104課綱。
國中課程綱要: 國中自主學習課程
臺大副校長陳良基於2015年7月26日表示，對於教育部控告學生的做法，他認為不恰當，而教育部讓警方逮捕記者則是非常可惡，嚴重侵害新聞自由，暴力也不應施加在記者身上。 但這番言論引起不少批評，認為他用言論自由包裝來縱容暴力，甚至反問他是否允許其他人闖進其辦公室。 民進黨主席蔡英文也認為此次爭議的主要問題，在於課綱修改程序不正當，特別是修改過程中的相關資訊未公開。 教育部長鄭瑞城，無視於審查委員的一致意見，直接裁定擱置98課綱的國文科與歷史科部份。 國中課程綱要 國中課程綱要 在2010年，組成專案小組，在吳清基部長任內，歷經2年的討論與調整後，在2012年初公佈了新課綱，稱為101課綱。 人智學教育基金會董事長嚴長壽則認為，歷史本來就不是個選擇題，也不是個是非題，應是個申論題，今後老師們教學時可要更著重在「不是以標準答案來答覆所有問題」，反過來應該讓學生自己去尋找答案，讓學生有思辨能力，之後判斷是非對錯，做出選擇與看法。。
國中課程綱要: 教育部國民及學前教育署
並認為由於教育部拒絕公開審核小組名單等訊息，故遭高等行政法院判定違法。 為執行行政院更改日治為日據的命令，教育部以行政命令組成高級中等學校及國民中小學社會及語文領域檢核小組，預備針對不符合要求的名詞進行修改。 由這個任務小組進行歷史課綱微調工作，提出方案，交由國教院執行。
國中課程綱要: 爭議
同時，教育部長吳京任內，於1997年在國中推出《認識臺灣》教材，分為社會、歷史、地理三冊，首次將臺灣相關史地整合成單一課程在國中教授。 以臺灣師範大學歷史系教授王仲孚為首的學者，集合王曉波、黃麗生、潘朝陽、陳昭瑛等人，編寫《認識臺灣國中教科書參考文件》，批評《認識臺灣》教材涉及臺獨意識及及日本皇民史觀。 中華民國教育部於1912年（民國元年）發布〈普通教育暫行辦法〉，並依此制定〈普通教育暫行課程標準〉，為民國史上第一份課程標準。 1913年（民國2年），教育部發布〈師範學校課程標準〉、〈中學校課程標準〉、〈高等師範學校課程標準〉。 1923年（民國12年），新學制課程標準起草委員會訂定小學、初中各科綱要，及高中課程總綱，發布〈新學制課程標準綱要〉。
國中課程綱要: 相關新聞
臺大校方則呼籲政府應立即啟動112考招新制精進研議，審慎檢視學測國英數綁分科測驗的合理性，重視採計數乙考科的校系需求，在有效評量學習完整性暨避免一試定終身之考量下，應及早討論分科測驗加考國英數乙事宜。 具備自我文化認同的信念，並尊重與欣賞多元文化，積極關心全球議題及國際情勢，且能順應時代脈動與社會需要，發展國際理解、多元文化價值觀與世界和平的胸懷。 核心素養依照學生個體身心發展狀況，各教育階段定有不同核心素養之具體內涵。 主要應用於國民小學、國民中學、高級中等學校的一般領域／科目；技術型、綜合型、單科型高級中等學校則依其專業特性及羣科特性進行發展，彈性納入與整合核心素養。 國中課程綱要2025 1945年（民國34年），第二次世界大戰結束，國民政府開始對臺灣行使統治權，臺灣地區改採中華民國各級學校課程標準製作教科書。 1948年（民國37年），教育部發布〈小學課程第二次修訂標準〉，旨在增加公民訓練。
國中課程綱要: 中國人民解放軍少將主導涉入
加深加廣選修之課程名稱、學分數與課程綱要由教育部研訂第二外國語文，包含未列於上表的第二外國語文課程。 普通型高級中等學校：舊稱「高中」，提供一般科目課程，協助學生試探不同學科的性向，著重培養通識能力，奠定學術預備基礎。 1940年（民國29年），為因應第二次世界大戰所需，教育部修正發布〈中學課程標準〉。
國中課程綱要: 教育百年樹人 臺南新化高中校友會獲杏壇芬芳獎
最高行政法院並指出，臺北高等行政法院應重新審酌包括，資訊公開到何種程度，才能兼顧審議委員暢所欲言的權利和民眾知的權利；其次，審議資訊內容是否具高度敏感性、審議過程是否已完成、是否涉及對相同立場公務員造成影響、公開壓力是否對於審議品質、程序造成傷害，資訊是否因時間經過而限制理由不存在、有關委員個人資訊、隱私的敏感性等。。 新舊版教科書併行：課綱微調自103年2月10日發布後，目前已進入選書階段。 國中課程綱要2025 教育部會完全尊重各校教師自主選書或自編教材，不會有其他行政幹預。 新舊版教科書差異部分：不列入大學入學考試命題107學年度的大學入學考試，將參酌立法院104年5月6日教育文化委員會第8屆第7會期第10次會議的臨時提案第三案決議，教育部將轉請大考中心遵行，以維護所有考生的權益。 教育部則表示微調後的課綱已於103年2月10日公佈，因已完成合法程序，所以在法律上是有效的。 各教科書出版社也依微調後的課綱編寫教科書，並完成審定工作，目前各校也完成選書作業，如果貿然退回課綱，涉及教師選書、教學現場及出版商的權益。
國中課程綱要: 慰安婦爭議
校訂必修以通識、知識應用或校本特色課程為原則，不得為部定必修課程之重複或加強。 溝通互動：學習者能廣泛且妥善運用各種工具，包括物質工具（如人造物、科技及資訊等）和社會文化工具（如語言、文字及符號等），與他人及環境能有良好且有效的互動，並具備藝術涵養與生活美感。 臺中市西屯區協和國小在今早辦理60週年「踩街報喜」校慶活動，以學生表演雙管陶笛、遊行採街、街舞表演等活動，慶祝學校從19… 另外，反課綱羣眾亦向臺北高等行政法院聲請假處分，要求高中課綱修正不得於2015年8月1日實施。
國中課程綱要: 十二年國民基本教育課程綱要-自然科學領域
1936年（民國25年），教育部發布〈修正中學課程標準〉，教學時數減為每週三十一小時；同時發布〈修正小學課程標準〉，採合科課程型式，減少教學時數，自四年級起加授珠算；及〈修正幼稚園課程標準〉。 總統馬英九在觀賞慰安婦紀錄片「蘆葦之歌」後表示，「到今天還有人懷疑慰安婦不是全部被強迫的，有的是自願，如果我們到今天還在辯論這個問題，代表我們真不是文明國家！」，並強調「慰安婦問題不是政治問題，而是歷史事實問題，是人權與人道問題」。 國中課程綱要 由於之前國內曾有人提出慰安婦有些是自願的，引發爭議，馬英九反問，CNN提到，臺灣可能成為全世界唯一不相信慰安婦是被迫的國家，如果得到這樣的稱號，會感到高興？ 聯合國把慰安婦定位為軍事性奴隸，「如果我們還在說是自願，不知道怎麼跟人家交代。」 馬英九也指出，日本首相安倍晉三對第二次世界大戰結束70週年發表談話時，他特別期盼，安倍對慰安婦議題能夠更負責、前瞻與明確。
中央研究院人文社會科學中心研究員朱德蘭則指出，臺灣反課綱運動提及慰安婦非被迫的觀點，完全脫離東亞史觀，包括臺灣等受害國，多年來一致要求日本道歉賠償。 認為慰安婦是自願的人，對這些當慰安婦的阿嬤心裡的痛苦，不去了解，也不認識，是對她們傷口灑鹽。 朱德蘭並表示，日軍找慰安婦找窮苦人家，很多人被賣或被騙，有的人被賣去中國大陸之後，再被賣去緬甸，一賣再賣，「有誰會為了要賺錢連命都不要了，騙她們的人不會講實際情況。」日本婦女服務的是軍官，有勞務契約，條件好，臺灣是殖民地，慰女婦服務的是一等或二等兵，很多人態度很壞，還有暴力行為，臺灣的慰安婦被殖民政府歧視，臺灣人也對她們差別待遇。
國中課程綱要: 計畫緣起 Background of the Project
此份課綱在2004年教育部長杜正勝任內被重新推動，以「普通高級中學暫行課程綱要」名稱公佈，在2006年（民國95年）開始使用，被稱為「95暫綱」。 《聯合報》認為是次調整，日本統治多加了「殖民」、描述慰安婦增加「強迫」兩字，爭議不大；「中國」則改成「中國大陸」，未改回更早前的「大陸」，且符合憲法。 比起民主進度黨政府執政時「去中國化」課綱幅度為小，針對性也不那麼高。
國中課程綱要: 中華民國首都在南京的新聞事件
鴉片戰爭迫使清廷在臺灣開港通商的敘述爭議：在英法聯軍之役後簽定天津條約與北京條約，清朝才將臺灣納入開港通商。 將清朝改為清廷，強調原有的鴉片戰爭、羅妹號事件、牡丹社事件，大幅度增加中法戰爭的內容。 舊課綱中列出的選修科目，包括區域文學選讀、小說選讀、論孟選讀、語文表達及應用。 多元文化單元中，原本的「介紹文化權與多元文化」改為「說明臺灣社會所具有的中華文化傳統，並介紹文化權與多元文化」。 社會參與：學習者處在彼此緊密連結的地球村，需要學習處理社會的多元性，以參與行動與他人或羣體建立適切的合作模式與人際關係。 自主行動：個人是學習的主體，學習者應選擇適當的學習方式，進行系統思考以解決問題，並具備創造力與行動力。
國中課程綱要: 國中科技領域課綱
透過新舊教科書併行，將爭議處列出，讓大家能務實地面對和討論，進而找到平 衡點，讓臺灣能向前邁進。 目前國教院已具體展開相關工作：(一)在課綱檢討方面，務必做到所有課綱研修的程序公開透明；(二)同時召集大考中心、高中學科中心組成專案小組，釐清新舊教科書的爭議點，而爭議點將不納入未來的考試範圍。 此外，教育部針對這些爭議點，將在暑假期間舉辦〈高中職師生研討工作坊〉，透過「大家一起寫教材」計畫，開始建置教材知識庫；同學可以針對自己關心的議題，透過與歷史研究者、教師與各界人士進行討論與交流，以培養自己理解與解釋歷史的能力。 在此，誠摯歡迎同學們利用暑假共同投入「自己的教材自己寫」這項有意義的活動。
國中課程綱要: 不甩教部 學校仍讓學生路口導護
但慰安婦並非只是單純的國族主義歷史論述，更涉及到性別、階級、人權等問題。 因此婦女救援基金會舉辦「從慰安婦課綱談歷史論述中的性別觀」的公民論壇，讓民眾多瞭解慰安婦倖存者的狀況。 婦女救援基金會董事長黃淑玲表示，慰安婦阿嬤都是底層婦女，受到性暴力，一天被強迫2、30人性服務，是日本對侵略國家婦女性暴力的性奴隸。 這些阿嬤是人權鬥士，20年來願站出來，被人看見，挺身而出，對戰爭性犯罪的反省，對人類進步有很大貢獻，黃淑玲更進一步指出，慰安婦議題在臺灣常被當成政治角力工具，也是臺灣很多慰安婦議題無法被深入討論的原因，臺灣慰安婦阿嬤當時是被強制進入性奴隸制度，沒有離開的自由，也沒有權利決定每天接受多少的士兵。 課綱只寫被迫並不夠，對慰安婦議題的認識應該從是軍事性奴隸制度去認識，是歷史課綱應該強調的重點。。
國中課程綱要: 校園禁不禁抖音受關注 教育部將與數發部跨部會討論
而國教院為進行各該課程微調之統籌與規劃而組成之檢核工作小組也廣邀學科中心教師就教學現場經驗提供意見。 依上述程序而言，已採納基層教師及學科中心意見，並無所稱有意阻絶基層高中教師參與，或學科中心遭排除未參與討論之情事。 林騰蛟說，歷史課綱專家小組預計能在9月底前組成，主要工作有三項，一為釐清新舊課綱爭議點，並就後續歷史課綱研修方式與撰寫原則提出建議；二是提出歷史補充教材撰寫的建議指導原則；三是依據檢討結果，提出歷史課綱審議程序及處理機制的建議原則。
因此，洪嘉鴻對蔡英文等人說的判決書感到好奇並登懸賞廣告，他表示，蔡英文在7月11日晚上抨擊教育部103年調整課綱，指稱連法院都判決調整課綱之行為是違法。 因此若有民眾能在今年度7月11日前的法院判決書上找出「教育部調整課綱違法」明確字眼，並將判決書完整影本傳真，以收受時間最先者1名給予獎金10萬元，以表感謝之意。。 7月27日，新黨前臺北市議員李承龍自稱是民間網路新聞電視臺記者，闖進陳良基辦公室要求採訪，聽到辦公室祕書說陳良基不在，且今日行程滿檔，更說要夜宿辦公室等他，直到校警到場，才願意離開。 陳良基事後透過校方發表聲明指出，他並非鼓勵學生犯法，學生犯錯當然應該被處分，但應是交由校規處理在先，不得已才動用司法作後續處分，對於學生還是要以教育輔導、引導的角色為主，記者若正參與或帶頭做違法的事情，理當依現行犯逮捕，由警方處置，但記者若正在報導現行犯現場的案件，就是執行為大眾傳遞真相的職責，理當被尊重。
國中課程綱要: 課程綱要
北區反課綱高校聯盟主辦的包圍教育部行動，2015年7月22日有60多名學生徹夜守在教育部外，要求教育部撤銷高中課綱，活動在23日早上以談判破裂收場。 錯字到這個地步，也可能是教育者教得不好，他當然應該站在老人的立場上表達自己的慚愧之意。。 教育部認為檢核委員的專業足以適任，王曉波在接受訪問時，稱自己擁有豐富臺灣史專業，出版多部專家。 但是歷史學界中有人提出批評，如臺大歷史系教授吳密察批評王曉波不曾在國際被認可的歷史專業期刊上發表過論文，其史學能力存疑；政治大學歷史系金仕起教授認為這次微調案的主要成員，如王曉波，其歷史專業不受專業歷史學者的認可；而黃麗生與李功勤等人雖為歷史專業，但其史觀落後主流學界。
7月11日，執政黨中國國民黨中央常務委員會會議上，常務委員邱毅建議刪除高中歷史教科書中皇民化、臺獨等不宜的內容，並將臺灣與中國史合併稱為本國史。 依據邱毅說法，黨主席馬英九認同，認為這是符合《憲法》的既定國策。 國民黨文傳會主委莊伯仲則在會後回答記者，馬當天僅裁示「請行政院轉請教育部慎重處理」。 教育部官員也說，尚未收到總統要重啟修訂高中歷史課綱的任何指示，至於鄭麗君前一週親送的大眾意見書，已轉國家教育研究院，送不久後開會的歷史教科書審定委員會討論。
部分反課綱的高中生更密集到教育部抗議，於2015年（民國104年）7月23日深夜還發生學生夜襲教育部，衝進部長室，警方逮捕學生記者33人事件。 而108課綱實施後，有網路傳聞「新課綱出來了，完全去中國化，從商朝到隋唐只剩下短短四頁….疫情迫在眉睫，乘此時機趕緊推出新課綱，就沒人會去注意討論」，隨後臺灣事實查覈中心證實為錯誤訊息。 教育部則表示原住民族基本法第2條規定，「原住民族」係指既存於臺灣而為國家管轄內的傳統民族；「原住民」係指原住民族的個人。
國中課程綱要: 教學資源 / 十二年國教數學課綱與課程手冊
蔡正元舉出陳水扁政府時期，2003年10月15日的立法院公報為例，立委李慶華質詢黃榮村部長，要求公佈審查小組名單，但遭黃榮村拒絕。 但立法委員林奕華與李貴敏皆主張，有關課綱微調的啟動時間為2013年，應適用當時的「高級中學法」，而民進黨指稱的「高級中等教育法」第43條依同法第67條之規定至2014年8月1日才正式施行，當時課綱微調的法律程序已經結束，所以時間點上並無違法情事。 文化大學歷史系教授王仲孚認為，高中歷史教科書要以國家立場來論述，用字遣詞都不能背離，包括日、韓、中國大陸等全世界都一樣；慰安婦並非自願，加上「強迫」有何不對，因此教育部的調整並沒有錯誤。 臺大政治系教授張麟徵認為，課綱問題主要是歷史、地理、國文的問題，因為這會影響到國家認同。 國中課程綱要2025 在陳水扁時代推行去中國化的教育，臺灣教育歷史地理先從臺灣教起，臺灣史被放在覈心，中國只有一小部份，教科書中提到的我國第一大島不是海南島。